Lejos de lo que la Armada buscó transmitir en un principio, el último mensaje enviado por el submarino ARA San Juan ya reflejaba que su situación era de riesgo, y da una pista de lo que finalmente pudo haber ocurrido con la nave, ya que hable de problemas de propulsión y de batería fuera de servicio.

El mensaje refleja, además, que la situación no se había solucionado, ya que parte del submarino había quedado fuera de servicio.
"Ingreso de agua de mar por sistema de ventilación al tanque de baterías N°3 ocasionó cortocircuito y principio de incendio en el balcón de barras de baterías. Baterías de proa fuera de servicio. Al momento en inmersión propulsando con circuito dividido. Sin novedades de personal mantendré informado", dice el mensaje que ahora, puesto en el contexto de los doce días sin contacto y la explosión detectada en las profundidas del Océando Atlántico, hacen suponer que ocurrió una catástrofe.

El último mensaje que envió el submarino ARA San Juan fue el miércoles 15 de noviembre, día en el que se perdió complemente contacto con la nave junto a sus 44 tripulantes. El documento fue revelado por el canal A24 e indica que tras ese mensaje los acontecimientos se precipitaron hasta dejar fuera de control al submarino, hundiéndose en las profundidades de mar a más de los 600 metros que podía soportr su casco como presión.

Si eso ocurrió, está claro que los 44 tripulantes quedaron sin chances de sobrevivir.

El mensaje fue recibido por radiofrecuencia. El documento revelado lo que hace es transcribir el mensaje emitido desde el submarino ARA San Juan, cuya última comunicación, según fue informado a la justicia, fue a las 7.30 del 15 de noviembre. Este documento está emitido a las 8.52 de esa misma mañana. Está firmado por el comandante de la Fuerza de Submarino y dirigido al Comando de Adiestramiento.

Recién este lunes, el vocero de la Armada, Enrique Balbi, habló acerca del último llamado del submarino. "Lo comunicado fue el ingreso de agua por el esnórquel, un cortocircuito y principio de incendio, para nosotros eso es humo sin llamas. Fue subsanado, aislaron la batería y navegaron con otro circuito; se propulsaba con el circuito de popa", dijo. Y detalló: "No tenía torpedos de combate. Pudo haber un incendio, una combustión rápida que consume el oxígeno y se puede decir que fue una implosión".

Según información que notificó la Armada al juzgado federal de Esquel, el último contacto que tuvieron con el submarino fue el día miércoles 15 de noviembre, a las 7.30 de la mañana. La notificación hacia la jueza Marta Yáñez ocurrió el viernes 17 de noviembre a las 16. Es decir, se tardó más de dos días en poner en contexto el dramatismo que se estaba viviendo.
​La última comunicación que se había detectado con la nave fue en la línea horizontal hacia el este a 500 kilómetros de Caleta Olivia.​

El S-42 ARA es un buque de ataque construido en Alemania al servicio del país desde 1985, cuando comenzó con pruebas de mar para abocarse luego a operaciones navales en aguas del Caribe, Atlántico Norte y ejercicios desde su apostadero en la Base Naval de Mar del Plata.

Había partido el lunes 13 de noviembre del puerto de Ushuaia en dirección a su base, en Mar del Plata.